Hubert Burda und Yossi Vardi bei der Eröffnung der Digitalkonerenz DLDAm 3. November 2005 stirbt Verlegerin Aenne Burda im Kreis der Familie in Offenburg. Vier Jahre später feiert das Unternehmen ihren hunerdsten Geburtstag, zu dem die Biografie „Aenne Burda - Wunder sind machbar“ von Ute Dahmen erscheint. Das von ihr gegründete BURDA MODEMAGAZIN zieht 2008 nach München um und wird im Jahr darauf in BURDA STYLE umbenannt.
2007 erhält Hubert Burda die Jakob-Fugger-Medaille für seine publizistischen Erfolge und visionäre Tatkraft. Ein Jahr später wird er für sein Engagement mit dem Bundesverdienstkreuz und der Verdienstmedaille des Landes Baden-Württemberg ausgezeichnet.
Auch in diesem Jahrzehnt baut Burda sein Zeitschriften-Portfolio weiter aus: 2000 kommt FREUNDIN WELLFIT auf den Markt, im selben Jahr startet das Wirtschaftsmagazin FOCUS-MONEY. 2002 erwirbt Hubert Burda Media erwirbt das verbraucherorientierte Wirtschaftsmagazin GUTER RAT und holt den deutschen PLAYBOY ins Portfolio. Ein Jahr später starten FRAU IM TREND und ELLE GIRL als Line-Extension des internationalen Trendmagazins. 2004 übernimmt Hubert Burda Media die Hamburger Verlagsgruppe Milchstrasse, zu der die Marken TV SPIELFILM, AMICA, MAX, CINEMA und TOMORROW gehören. An der Zeitschrift FIT FOR FUN hält Hubert Burda Media 80 Prozent. 2007 übernimmt der Konzern außerdem CHIP und CHIP Xonio.
Burda Eastern Europe baut seine Marktposition mit neuen Titeln in Serbien und Kroatien aus, damit erscheinen 2007 96 Zeitschriften in neun osteuropäischen Ländern.
Bereits im Jahr 2000 bündelt der Konzern seine Internet-Unternehmen unter dem Dach der FOCUS Digital AG, die am 13. Juli an die Börse geht und im folgenden Jahr mit der TOMORROW Internet AG zum damals größten Internet-Medienkonzern Deutschlands fusioniert, der TOMORROW FOCUS AG. In diesem Jahrzehnt baut Hubert Burda Media sein Digital-Geschäft weiter aus und beteiligt sich unter anderem 2009 an der Xing AG. Mit dem ersten Digital Lifestyle Day (DLD - heute Digital, Life, Design) 2005 in München setzt Hubert Burda Media Trends im Digitalbereich und etabliert eine europäische Zukunftskonferenz.
2008 investiert Burda weiter in Wachstumsmärkte und unterzeichnet mit Hindustan Times Media einen Vertrag für Indiens erste Tiefdruckerei.
